La Dirección de Instituciones Incorporadas será una dependencia administrativa con un alto sentido de identidad universitaria con una perspectiva integral del quehacer universitario y asumiendo el gran compromiso de impulsar a las instituciones que conforman el sistema incorporado a ofrecer programas educativos de calidad. Contará con un cuerpo de supervisores capacitados en los aspectos académicos, administrativos y de control escolar, propios de sus tareas de supervisión. Contará con procesos y procedimientos que le permitan tener una gran capacidad de respuesta para atender las exigencias de directivos y comunidad de las instituciones incorporadas, así como de los diferentes espacios universitarios.

Coordinar las acciones del Sistema Incorporado Universitario, la aplicación de los planes y programas de estudio del nivel medio superior y superior, así como vigilar el cumplimiento de la Legislación Universitaria; coadyuvando a mejorar la Calidad Educativa de la UAEM.