El programa consta de tres áreas principales:

Area básica o de tronco común (AB). En la que el alumno tomará cursos obligatorios relacionados con la filosofía de la ciencia y la metodología de la investigación, así como seminarios sobre la situación de las Ciencias Agropecuarias y los Recursos Naturales en México.

Area Complementaria (AC). En la que el candidato contará con una serie de cursos complemetarios a elegir de acuerdo con la orientación disciplinaria de su proyecto de investigación y de sus antecedentes académicos o profesionales. El propósito de esto es asegurar que la formación del alumno se oriente hacia el área de conocimiento que es más apropiada.. El alumno deberá seleccionar en conjunto con su director de tesis los cursos que desea acreditar. Los cursos que actualmente se ofrecen se detallan al final de este apartado. Existe la posibilidad de que el alumno acredite cursos que formen parte de otros programas, dentro o fuera de la UAEM. La participación de un alumno en cursos fuera de este programa será a solicitud del Director de Tesis o del Comité Tutorial. En todos los casos existirá un responsable del curso que notificará al Coordinador del Programa la calificación obtenida por el alumno.

Area de Investigación (AI). Es la esencia del programa de posgrado, donde el estudiante, en conjunto con su comité tutorial, definirá un problema de investigación y desarrollará un proyecto al interior de las líneas y programas existentes. Incluye también la presentación de seminarios de investigación de los propios estudiantes, profesores del programa y profesores invitados.